La vallée du Loing est un lieu de peuplement très ancien. Plus de trente polissoirs datant de l'époque néolithique sur les communes de Nemours, Poligny, La Madeleine-sur-Loing, Château-Landon et Souppes sont présents aujourd'hui, témoins de cette première vie sédentaire.
La tour de l’époque gallo-romaine achetée en 1312 par le chapitre de la Sainte-Chapelle du Palais Royal de Paris, transformée en maison d’habitation à la veille de la Révolution, est au centre de la ville. Au XIIe siècle, aux extrémités de la commune actuelle, s'établissent la Seigneurie du Boulay et la Seigneurie de Beaumoulin. Une autre église est construite au Boulay au XIIIe siècle donnant naissance à un second prieuré. Cette église en ruines était dédiée à Notre-Dame du Boulay, puis à Saint Fiacre, patron des jardiniers. La Seigneurie du Boulay sera élevée au rang de Marquisat au XVIIIe siècle, en relèveront Souppes, Poligny, Obsonville et autres lieux.
La Révolution se passe sans trop de heurts pour les vies humaines grâce au second maire élu, Thomas Chantrier, et aux élus qui l’entourent. Malgré tout, l'église de Souppes est occupée comme grenier à foin de 1793 à 1795. Celle du Boulay qui avait été reconstruite au XVIIIe siècle est désaffectée et dépouillée. Celle de Sainte-Marie de Cercanceaux sera démolie après 1791, date où elle est vendue comme bien national.

L'exploitation de la pierre qui existe depuis des siècles va trouver son apogée au XIXe siècle. Les deux flancs de la vallée sont exploités. Les carriers et tailleurs de pierre ont développé toute une vie sociale. Dès 1865 est fondée à Souppes, « la Société de Secours Mutuels de l'Ascension ». L'Ascension était et est encore aujourd'hui la fête des tailleurs de pierre. Deux sites d’exploitation sont toujours en activité sur le territoire de la commune.

De style gothique naissant de la fin du XIIe siècle, l'église Saint Clair est d'une grande sobriété. Elle est bâtie sans transept, et comporte une nef unique à trois travées terminée par un chevet rond. La flèche, au dessus du chœur, date du XIXe siècle. Le portail sud permet l'entrée des fidèles par la place. Jusqu'en 1843, ce portail ouvrait sur la rue des mariniers qui passait entre l'église et le cimetière.
Les contreforts et les encadrements des portes sont construits en pierre de taille, la pierre de Souppes, non gélive, utilisée pour la construction du sacré-cœur de Montmartre et la statue de Sainte Geneviève sur le pont de la Tournelle à Paris.

source : Société d'histoire de Souppes-sur-Loing.