Le nom de la commune provient du bas latin nosiacum, en référence à la grande quantité de noyers présents sur ce territoire.
Au Moyen Âge, les terres de Noisy appartiennent à l'abbaye Saint-Germain-des-Prés de Paris, son église est rattachée à la paroisse de Dormelles.
En 1189, Guy de Noyers, archevêque de Sens, en instituant dans sa cathédrale les quatre chanoines de l'autel Saint-Pierre, leur assigne, entre autres revenus, quatre livres de rente à prendre sur l'église de Noisy. Par ailleurs, le chapitre de l'église de Montereau partage avec le prieur de Pontloup, situé à Moret-sur-Loing, une partie des dîmes de la paroisse. Une ferme fortifiée avec échauguettes, restes d'un ancien château, ainsi que le château de Rudignon, sont les seuls vestiges de cette époque.
Par ordonnance du 23 décembre 1832, le hameau de Rudignon est distrait de la commune de Flagy, et réuni à Noisy-le-Sec, qui ne prendra le nom de Noisy-Rudignon qu'en 1910.
Eglise romane du XIIe siècle, construite en grès, sans chapelle ni bas-côtés. Elle renferme une statue de Sainte-Barbe en pierre calcaire peinte et une statue en pierre de la Vierge à l'enfant du XVIIe siècle de style Gâtinais.
Originaire d’Orient au milieu du IIIe siècle, Barbara est la fille unique de Dioscore.
Sa légende parle d'une jeune fille très belle et très riche. Elle reçoit beaucoup de demandes en mariage de puissants seigneurs mais elle refuse de se marier.
Convertie au christianisme contre la volonté de son père, elle est emprisonnée dans une tour du château. Elle s'obstine et persévère néanmoins dans sa foi et refuse d’abjurer la religion chrétienne. Présentée devant un juge, elle est condamnée aux pires tortures sous le regard de son père. On lui arrache les seins avec des peignes de fer, la brûle avec des lames rougies, puis elle est fouettée. Mais, par la grâce de Dieu, elle ne ressent pas la douleur et refuse toujours d’abjurer. Alors son père la décapite. Aussitôt, il est frappé par la foudre et réduit en poussière.