Germain naquit à Auxerre d'une famille noble. Après de longues études consacrées aux arts libéraux, il partit pour Rome afin de se former à la science du droit. Il y acquit tant de considération que le Sénat l’envoya dans les Gaules pour remplir les fonctions de gouverneur de toute la Bourgogne.
En l'an 418, saint Amator, évêque d'Auxerre, eut la révélation de sa mort prochaine et que Germain lui succéderait. Ce qui eut lieu : le peuple demanda à l’unanimité Germain pour évêque. Il distribua alors tous ses biens aux pauvres, traita sa femme comme si elle eût été sa sœur, et pendant trente ans, il mortifia tellement son corps que jamais il n'usa de pain de froment, ni de vin, ni d'huile, ni de légumes.

Nommé légat apostolique pour aller combattre le pélagianisme dans la Grande-Bretagne, il passa par Paris, où il fit la rencontre de la pieuse bergère de Nanterre, Geneviève, dont il prédit la gloire.

Une fois l’impératrice Placidie et son fils Valentinien l’invitèrent à un dîner. Or, comme il était exténué, il se fit conduire sur un âne depuis son logement jusqu'au palais : mais pendant le repas, l’âne mourut. La reine fit alors offrir à l’évêque un cheval extrêmement doux. Quand le saint l’eut vu, il dit : « Qu'on m’amène mon âne, parce que, comme il m’a amené, il me ramènera. » Et allant vers le cadavre : « Lève-toi », dit-il, retournons au logis. Aussitôt l’âne se leva, se secoua, et il porta Germain à son hôtellerie.
Mais avant de sortir de Ravenne, Germain prédit qu'il n'avait plus longtemps à rester sur la terre. Il mourut vers l’an du Seigneur 448 et son corps fut ramené en Gaule comme le lui avait promis l'impératrice.