La présence d'une source au cœur du village, alimentant un ru qui le traverse de part en part pour se jeter dans l'Yonne, a attiré les hommes dès les premiers âges. Un aqueduc souterrain témoigne de l’existence du site dés la période gallo-romaine.

Le nom d'Esmans serait dérivé de « AMAN » ou « AC MAN » (la rivière). Il est cité lors de la translation du corps de Saint Germain, évêque de Paris, en l'église de Saint-Germain-des-Prés.

Une forteresse a été construite vers le milieu du XIIIe siècle le long du ru, à un endroit qui devait être marécageux. Ce type d'implantation était habituel à l'époque pour améliorer la défense du lieu. Elle abrita les premiers seigneurs d'Esmans et cela jusqu’en 1789 et reçut rois et reines de passage ainsi que Guillaume Briçonnet, acteur de la réforme (XVIe) et qui est inhumé en l'église d'Esmans. Saint Louis vint à Esmans le 26 août 1255.

Le polyptique de l’Abbé Irminon nous apprend qu’à la fin du VIIIe siècle, et sans doute bien antérieurement, Esmans possédait déjà une église bien bâtie, ornée avec soin, pourvue d’une maison et des autres bâtiments nécessaires.

Cette première église occupait vraisemblablement l’emplacement de l’église actuelle, emplacement qui a conservé le nom de « Prieuré ». Elle était consacrée à la Vierge et il y avait un prieuré de l’ordre de Saint Benoît à la collation de l’Abbé de St-Germain-des-Prés. Aussi lui donnait-on deux vocables : Notre- Dame et Saint-Germain.

En 857, les religieux, fuyant de Paris à l’approche des Normands, s’étaient réfugiés à Esmans et y avaient transporté le corps de leur patron : Saint Germain. C’est pendant le séjour des religieux qu’eut lieu, dans l’église, la translation des reliques de Saint Georges, de Saint Aurèle avec le chef de Sainte Nathalie rapportés d’Espagne par deux religieux.
En 861, les Normands ayant poussé jusqu'à Melun, les moines s’enfuirent à Nogent-sur-Marne, emportant le corps de leur saint patron et les reliques rapportées d’Espagne

Au XIIIe siècle, l'actuelle église fut construite par les soins des abbés de Saint Germain. Elle se compose d’une seule nef et le chœur, à chevet polygonal, est très élégant.