Les hautes baies du chœur renferment des vitraux du 13e siècle. On y voit des apôtres, des prophètes, des saints, et, dans les rosaces des deux baies voisines de la baie centrale, la représentation, à gauche, des Vertus et des Vices, à droite, des Arts libéraux.
de bas en haut, et de gauche à droite :
[8] la mort de Joseph, accompagné de Marie et Jésus
[7] Joseph enseigne le métier de charpentier à Jésus
[6] Joseph et Marie accompagnent Jésus au temple où il engage une discussion avec les docteurs
[5] la fuite en Égypte
[4] le songe de Joseph
[3] Joseph et Marie reçoivent les rois mages qui apportent des présnts à l'enfant nouveau né
[2] le mariage de Joseph et de Marie
[1] Parmi les prétendants de Marie, seul le baton de Joseph fleurit
de bas en haut, et de gauche à droite :
[8] décollation de Saint Pèlerin
[7]
[6]
[5]
[4] lapidation de Saint Pèlerin
[3] Pèlerin prêche devant les habitants d'Auxerre
[2] Pèlerin construit une église
[1] le pape Sixte II lui impose les mains et l'ordonne évêque
Au-dessus de la porte, surmontée d'un gable, s'ouvre une grande baie à meneaux qui soutient la rosace, rayonnante au sud, flamboyante au nord. Les Dinteville firent peindre, au XVIe siècle, les vitraux des rosaces, ou l'on voit leur devise avec leurs armes,
Au nord sont représentées les figures emblématiques de la Vierge et, au-dessous de la rosace, l'histoire de Joseph et ses frères, que peignit en 1528, Germain Michel.
A la rosace méridionale, le vitrail daté de 1550, représente le Père éternel au milieu des puissances célestes : au-dessous se voit, en huit tableaux, l'histoire de Moïse; oeuvre du peintre auxerrois Guillaume CornouaiIIe.
[A] Les litanies de la Vierge
[8] la coupe d'or cachée dans le sac de Benjamin
[7] Joseph offre un festin à ses frères
[6] Joseph se fait reconnaître de ses frères
[5] Joseph devant Pharaon
[4] Joseph et la femme de Putiphar
[3] Les frères de Joseph rapportent à Jacob la tunique ensanglanté de Joseph
[2] Joseph tiré de la citerne
[1] Joseph raconte ses rêves à ses frères
[A] le père éternel
[8] La terre va engloutir Coré, Dathan et Abiron qui ses sont soulevés contre Moïse
[7] Moïse reçoit les Tables de la Loi
[6] le serpent d'airain
[5] la manne dans le désert
[4] les Hébreux libérés (et donateur)
[3] la traversée de la mer rouge
[2] la Sortie d'Égypte
[1] Moïse et le Buisson ardent