Saint Amâtre (vers 386-418) fit bâtir une nouvelle église plus vaste, à l'emplacement de l'édifice actuel. L'Évêque Desiderius dit Saint Didier d'Auxerre (603-621), ajouta à son église une abside décorée d'une mosaïque à fond d'or à l'exemple de celle de Syagrius à Autun . Cette construction fut totalement détruite lors d'un incendie à la fin du 9e siècle.
Le troisième sanctuaire fut érigé sous l’épiscopat d’Hérifried (887-909). C’est aussi un incendie qui ravagea en 1023 cette cathédrale, ainsi qu’une grande partie de la ville.
Une cathédrale romane fut alors édifiée par Hugues de Chalon. Bâtie en pierre, la nouvelle église fut consacrée en 1057 par l'évêque Geoffroy de Champallement. Son chœur, flanqué de deux tours, reposait sur une crypte qui lui servait de soubassement en raison de la pente. De l'église romane en pierre, élevée au 11e siècle et qui fut abattue pour laisser la place à l'édifice gothique, subsistent la crypte et sa chapelle absidiale.
La construction de la cathédrale actuelle, commencée en 1215, durera près de trois siècles : chœur et parties basses de la façade au 13e siècle, croisillons et portails du transept nord au 14e siècle, nef et transept sud au 15e siècle, achèvement de la façade et de la tour nord au 16e siècle.
Le portail central est consacré au Jugement dernier. Le Christ Juge est assis entre la Vierge Marie et saint Jean-Baptiste agenouillés. Les piédroits, où figurent les vierges sages et les vierges folles, se rattache à ce thème car ces dernières sont présentées montant à l'appel du Jugement Dernier, lequel figure au linteau.
Les voussures contiennent des statuettes représentant les apôtres. Elles sont décorées de 66 scènes.
En 1300, on entreprit la construction du croisillon sud du transept dont le portail est consacré à saint Étienne. Le tympan de ce portail ainsi que les statuettes d'anges de ses trois voussures, comptent parmi les meilleurs morceaux de la statuaire du 14e siècle.
La partie inférieure des soubassements est sculptée de bas-reliefs sous forme de médaillons, chefs-d'œuvre de la sculpture du Moyen Âge (13e siècle). On y trouve illustrant la Genèse (Création du monde) et l'arche de Noé, symbole du salut.
La crypte, qui date de 1023, est la partie restante de l'édifice roman qui a précédé la cathédrale actuelle.
On peut y admirer une fresque romane (milieu 12e siècle) représentant une grande croix, quatre anges à cheval logés dans des médaillons, et au centre un Christ sur un cheval blanc. L'interprétation de ces fresques est énigmatique : passage libre du Christ sur la croix ou apparition du Roi des Rois, le cavalier de l'Apocalypse de saint Jean ?
Sur la voûte en cul-de-four de la chapelle de la crypte, on peut également admirer un Christ pantocrator
(fin 13e).
Les verrières les plus anciennes de la cathédrale datent du XIIe siècle et du XIIIe siècle pour celles du déambulatoire. Celles du transept et de la nef s'échelonnent entre 1390 à 1410. Les plus admirables sont les trois roses élevées au XVIe siècle par les frères Dinteville, évêques d'Auxerre ; parmi celles-ci, la rose Nord qui illustre les litanies de la Vierge, et celle qui représente le Navire de l’Église conduit par saint Étienne, située dans la nef, côté sud.
Des vitraux du 13e siècle garnissent les baies du chœur. Dans l'allée nord, l'histoire de David (baie 25), la légende de saint Mammès (baie 23), la création du Monde et la chute de l'Homme (baies 19 et 21), l'histoire de Joseph (baie 17), la légende de sainte Marguerite (baie 15), celle de saint André (baie 13), l'histoire de Samson (baie 11), la légende de saint Laurent (baie 9), Saint Pierre et Saint Paul (baie 7)
Dans l'allée sud, la légende de saint Eustache, de saint Nicolas, l'histoire de l'Enfant prodigue, déjà traitée au portail de la façade, les vitraux consacrés à saint Jacques le Majeur, à saint Nicolas, à sainte Marie l'Égyptienne, à la Madeleine, à sainte Catherine d'Alexandrie;
dans une des baies de la chapelle de la Vierge ont été transportés les panneaux d'un vitrail représentant la légende de Théophile.
[17] [18] anges thuriféraires
[15] [16] Saint Pierre en croix sous les yeux du préfet Agrippa
[14] Quo vadis domine
[13] Vision des animaux impurs
[12] Simon le magicien soutenu par 2 hommes
[11] Néron et un serviteur
[10] Chute de Simon le magicien
[9] Saint Pierre tiré de prisonpar un ange
[8] Résurrection de la fille de Tabitha
[7] Saphire et Ananie devant Saint Pierre
[6] Guérison de Saint Paul aveugle par Ananie
[5] Saint Pierre devant le Christ
[4] le Christ accompagné par un ange
[3] la pêche miraculeuse
[2] Simon, le magicien, veut acheter à Saint Pierre ses pouvoirs
[1] apôtre dans une barque
[24] le Christ bénissant
[21] [22] [23] Saint Laurent sur le gril devant devant Decius et des gardes
[20] Saint Laurent conduit au supplice
[19] Saint Laurent baptise dans sa prison
[18] Decius et un lieutenant
[16] [17] St Laurent est à nouveau flagelllé devant Decius
[15] Saint Laurent conduit en prison
[14] Saint Laurent et Hipolyte
[12] [13] Decius, inspiré par un démon, fait flageller le saint
[11] St Laurent est dépouillé de ses vêtements
[9] [10] St Laurent comparait devant Decius
[6] St Pierre [7] [8] Apôtres
[3] [4] [5] Apôtres
[2] St Paul piqué par un serpent le jette dans les flammes
[1] Saint Paul prêchant à Malte
[25] un ange
[24] Samson est aveuglé...
[23] Les funérailles de Samson...
[22] Le temple tombe
[19] [20] [21] Samson aveugle est emmené
[18] ... il travaille la presse à vin
[17] Samson est aveuglé...
[16] Delilah coupe les cheveux de Samson
[15] Samson entre à Gaza
[14] Samson et la source salée
[13] Samson prie
[12] Samson avec les portes de Gaza
[11] le lion
[10] Samson et le lion
[9] Ils cachent leur nudité
[8] Le péché originel
[7] Dieu avec Adam et Eve
[6] Adam plonge et Eve tourne
[5] Dieu les condamne au travail et à l'éducation
[4] Adam et Eve chassés du Paradis
[3] Moïse et le buisson ardent
[2] Moïse et les tables de la Loi
[1] Les Hébreux prient...
[19] Saint André sur la croix
[18] St André est battu
[17] St André est conduit à la prison
[16] Saint André est condamné
[15] Un démon jette le feu sur quatre personnes endormies
[14] ,,. mais ils tombent ensuite à genoux
[13] Les soldats arrêtent André...
[12] Trois personnages
[11] On lui offre un roseau
[10] Il reçoit un roseau
[9] Saint André repousse deux démons
[8] St André sauve un jeune homme des démons
[7] André baptise
[6] Les démons étranglent les gens dans leur bain
[5] Saint André poursuit les démons à l'allure de chiens
[4] Les habitants de Nicea implorent Saint-André
[3] Les démons lapident les habitants de Nicea
[2] Saint André exorcise un enfant
[1] Saint André et le vieux Nicolas
[19] l'âme de Marguerite monte au paradis
[18] ... sous les yeux de témoins de son martyre
[17] Marguerite est décapitée
[16] Olibrius
[14] [15] massacre des nouveaux convertis
[13] un édifice
[12] ... sous les yeux de témoins de son martyre
[11] Marguetite est plongée dans une cuve d'eau bouillante
[10] Olibrius
[9] ... sous les yeux de témoins de son martyre
[8] Marguerite est jetée dans un brasier
[7] Marguerite est condamnée
[4] Margurite poursuit le dragon
[5] Marguerite piétine le dragon
[6] Un dragon apparait
[3] Marguerite est battue
[2] Marguerite est jetée en prison
[1] Marguerite devant Olibrius
[19] Joseph sur un char
[16] Joseph rencontre ses frères
[17] Joseph interprete le rêve de Pharaon
[18] Joseph sort de prison
[13] le majordomme reprend son service
[14] le rêve de Pharaon
[15] le majordome sort de prison
[12] Joseph en prison interprète les rêves du majordome et du panetier
[11] Joseph et la femme de Putiphar
[10] Joseph est dénoncé
[9] Putiphar lui remet les clés
[8] le majordome est emprisonné
[7] Pharaon condamne le panetier
[4][5][6] Joseph est vendu à des marchands et conduit en Egypte
[1] les frères de Joseph lui prennent sa tunique
[2] Joseph est jeté dans un puits par ses frères
[3] Joseph est dépouillé de sa tunique
[16] Loth entre ses 2 filles
[15] un ange avec Sodome condamné
[14] la femme de Loth transformée en statue de sel
[13] Loth quitte Sodome
[12] la femme de Loth accueille 2 anges
[11] Loth avec 2 anges
[10] Noé intercède pour les villes condamnées
[9] les anges annoncent la destruction de Sodome et Gomorrhe
[8] Abraham et les 3 anges
[7] Abraham et Isaac
[6] la tour de Babel
[5] ... Nöé est ivre.
[4] Noé plante une vigne ...
[3] Noé et sa famille quittent l'arche
[2] un corbeau picore un cadavre
[1] l'arche et la colombe
[16] Dieu
[15] création des oiseaux
[14] création des eaux
[13] anges
[12] création de la femme
[11] création de l'homme
[10] Création des animaux
[9] Dieu montre l'arbre à Adam
[8] Dieu donne à Adam la domination sur la terre
[7] des oiseaux et des animaux
[6]
[5] Adam et Ève essaye de cacher leur nudité
[4] la tentation d'Adam et Eve
[3] un ange
[2] Moïse et le serpent d'airain
[1] Jonas et la baleine
[1] Naissance de St Mammès
[2] Éducation de St Mammès
[3] St Mammès comparait devant Démocrite
[4] St Mammès devant Aurélien
[5] Flagellation de St Mammès
[6] St Mammès sur le gril
[7] St Mammès est sauvé par un ange
[8] St Mammès construit sa maison sur une montagne
[9] St Mammès est recherché par les archers du gouverneur
[10] St Mammès enseigne aux animaux
[11] Les archers sont apeurés à la vue des bêtes sauvages
[12] Jésus apparait à St Mammès
[13] St Mammès devant Alexandre
[14] Flagellation de St Mammès
[15] St Mammès est livré aux bêtes dans une arène
[16] Des prêtres païens devant une idole
[17] St Mammès jeté dans un brasier
[18] St Mammès en prière
[19] St Mammès et le roi sous une arcade
[1] David sacré roi par Samuel.
[2] David joue de la harpe devant Saül.
[3] David terrasse un lion.
[4] David revêt l'armure de Saül.
[5] Il combat Goliath
[6] Il coupe la tête du géant.
[7] David accueilli en vainqueur par les habitants de la ville.
[8] David accueilli en vainqueur par les habitants de la ville
[9] Saül cherche à tuer David.
[10] Les émissaires de Saül trouvent une statue à sa place dans son lit.
[11] Michol fait fuir David par la fenêtre.
[12] David et Abimelech.
[13] David coupe un pan du manteau de Saül.
[14] Combat de Gelboë où Saül est défait.
[15] Suicide de Saül.
[16] Oza tué par l'arche d'Alliance
[17] David joue de la harpe, David en trône.
[18] Joab tue Absalon, fils de David.
[22] le couronnement de la Vierge
[19] [20] [21] la dormition de la Vierge
[16] [17] [18] la pentecôte
[13] [14] [15] la crucifixion
[10] [11] [12] les noces de Cana
[9]
[8] la fuite en Egypte
[7] le songe de Joseph
[6] l'adoration des mages
[5] l'adoration des bergers
[4] l'annonce aux bergers
[3] la nativité
[2] la visitation
[1] l'annonciation
[22] Mort de Théophile
[19] Théophile remet à l'évêqe l'écrit infernal [20] [21]
[16] [17] [18]
[13] [14] Théophile se prosterne devant une statue de la Vierge [15]
[10] [11] [12]
[7] [8] [9]
[4] [5] [6]
[3] Théophile vend son âme au diable
[2] Secours du magicien juif
[1] Théophile devant l'évêque
[22] Martyre de Saint Eustache et de sa famille dans un taureau d'airain
[21] deux cavaliers
[20] Eustache retrouve son épouse et ses fils
[19] 2 hommes assistant à la scène
[17] [18] Eustache laisse son épouse aux bateliers
[16] l'épouse de Saint Eustache et ses deux fils
[15] des spectateurs
[13] [14] les enfants de Saint Eustache sont enlevés par des animaux sauvages
[12] Saint Germain et le fils d'Élaphius
[11] Le maître d'oeuvre devant son édifice
[10] Saint Martin fait batir une église
[9] Saint Martin évêque conversant avec Saint Paulin de Nole
[8] Saint Martin bénit sa mère convertie
[7] Saint Martin délivre un possédé
[6] Chute du pin sacré
[5] Mort de Saint Martin
[4] Saint Martin lié au pin sacré
[3] Saint Martin et un disciple
[2] Messe de Saint Martin
[1] Saint martin opérant une résurrection
[15] [16] Miracle de l'enfant à la coupe d'or qui tombe à la mer et qui remercie le saint en déposant la coupe sur son autel
[13] [14] Saint Nicolas dote les trois pucelles
[12] Saint Nicolas est proclamé évêque
[11] Miracle de l'enfant tombé dans de l'huile bouillante
[10] un évêque et des clercs vont chercher Saint Nicolas
[9] les habitants reçoivent d'un ange l'ordre de prendre Nicolas comme évêque
[8] Saint Nicolas prosterné au seuil de l'église
[7] Mort de l'évêque de Myre, prédécesseur de Saint Nicolas
[6] procession de trois clercs
[5] Saint Germain en prière devant l'église de Varzy
[4] Résurrection du fils de Volusien
[3] Il arrête Éocharic roi des Alains
[2] Saint Germain guérit le fils d'Élaphius
[1] Saint Germain sur un âne est accosté par un mendiant
[25] Un personnage tenant un sceptre
[22] [23] [24] le festin avec des serviteurs
[21] le père discute avec le fils ainé
[20] le fils aîné interoge un serviteur
[19] un festin est organisé
[17] deux musiciens jouent de la viole
[18] on tue le veau gras
[16] son père lui apporte un habit
[15] et revient vers son père qui l'accueille
[13] il se détourne des troupeaux
[14] il garde les troupeaux
[12] il demande du travail à un fermier
[10] [11] le Fils prodigue ayant perdu son héritage est chassé par les femmes
[9] Saint Jean ressuscite les 3 condamnés à mort
[8] Saint Jean boit la coupe empoisonnée
[7] Aristodème fait empoisonner les 3 condamnés à mort
[6] le Christ sur l'Agneau posant ses pattes sur le livre aux 7 sceaux
[5] la femme vêtue de soleil
[4] le Christ en trône entouré des 7 anges aux trompettes
[3] un archer au cheval blanc couronné par un ange
[2] le Christ couronné tenant une faucille
[1] un ange montre à Saint Jean la pluie de feu et de grêle
[25] décollation de Saint Jacques
[24] St Jacques et Josias sortent de la ville ensemble
[23] Josias demande le baptême
[22] Condamnation de St Jacques tenu enchaïné par le scribe Josias
[21] il est jeté en prison
[20] Saint Jacques comparaît devant Hérode Agrippa
[19] arrestation de Saint Jacques
[18] Saint Jacques baptise les deux hommes
[17] Saint Jacques le convertit avec Philète
[16] Hermogène jette ses livres de magie à la mer
[15] Hermogène sous une arcature
[14] Saint Jacques lui jette son bâton
[13] Hermogène se prosterne devant Saint Jacques
[12] trois pharisiens
[11] Les démons en réfèrent à leur maître
[10] Saint Jacques repousse les démons envoyés par le magicien Hermogène
[9] trois moines et un personnage
[8] Julienne embaume les corps d'un évêque et de Saint Étienne
[7] un évêque nimbé lié à une échelle
[6] un clerc gravit les marches d'un édifice
[5] Julienne emporte les reliques jusqu'à Constantinople
[4] un prêtre et un jeune clerc
[3] un ange armé d'un glaive et deux hommes
[2] Jean fait ouvrir les sarcophages de Nicodème, Gamaliel et Étienne
[1] Lucien conduit l'évêque de Jérusalem à l'emplacement où se trouvent les reliques
[25] le Christ bénissant
[24] le juif agenouillé devant la statue de Saint Nicolas
[23] ils remettent l'argent dans le coffre
[22] les voleurs rapportent l'argent
[21] Saint Nicolas apparait aux voleurs
[20] Découvrant le vol, le juif frappe l'image de Saint Nicolas
[19] les voleurs se partagent le butin
[18] les voleurs s'enfuient avec le trésor
[17] vol du trésor
[16] un autre juif confie le trésor à Saint Nicolas
[15] le juif reçoit le baptême
[14] Saint Nicolas récupère l'argent
[13] le juif prie devant une statue de Saint Nicolas
[11] [12] le parjure est écrasé par un chariot et les pièces d'or roulent à terre
[10] un homme emprunte de l'argent à un Juif
[9] mort de Saint Éloi dont des anges emportent l'âme
[8] une procession avec un évêque
[7] Saint Éloi et Saint Ouen devant un évêque
[6] Saint Eloi pince le nez d'un diable
[5] Saint Éloi intronisé évêque de Noyon
[4] Clovis fait peser de l'or devant Saint Eloi
[3] Un personnage conduit deux chevaux
[2] Saint Eloi travaille sous les yeux du roi
[1] Saint Éloi reçoit la commande d'un trône en or pour Childebert
[16] un ange thuriféraire
[15] deux anges emportent son âme
[14] Zosime aidé du lion enterre la sainte
[13] un lion creuse la tombe
[12] Mort de Marie l'Egyptienne
[11] Il lui donne la communion
[10] Zosime rencontre Marie l'Egyptienne
[9] Marie l'Egyptienne prie sur les rives du Jourdain
[8] Marie l'Egyptienne se retire dans le désert
[7] Marie l'Egyptienne achète des pains chez le boulanger
[4] [5] [6] Le Christ de l'Ascension entre deux anges et un apôtre
[1] [2] [3] Un apôtre recevant le Saint Esprit entre deux groupes d'anges thuriféraires
[16] mort de Marie-Madeleine, Saint Maximin préside les funérailles
[15] extase de Marie-Madeleine
[14] Saint Maximin baptise le père, la mère et l'enfant
[13] Ils retrouvent à Marseille Marie-Madeleine prêchant
[12] il retrouve sur l'île son épouse et son enfant ressuscités par Marie-Madeleine
[11] retour du comte en bateau
[10] le comte de Provence devant Saint Pierre
[9] le comte abandonne sur une île déserte les cadavres de son épouse et de son enfant nouveau-né
[8] le comte de Provence et son épouse partent en pélérinage à Rome et affrontent la tempête
[7] Marie-Madeleine et deux hommes nimbés devant un diacre
[6] Marie-Madeleine et son frère introduit dans un palais par une servante
[5] Marie-Madeleine apparaît au comte de Provence et à son épouse durant leur sommeil
[4] prêche de Marie-Madeleine accompagnée de Saint Lazare en Provence
[3] deux femmes et un homme transportent le corps d'un saint
[2] un jeune diacre et deux hommes entrent dans un édifice
[1] un clerc pendu à une poutre
[16] le Christ bénissant
[15] la tête de Saint Brice est portée à l'église
[14] Il découvre la tête sanglantée d'un des martyrs de Coucy-les-Saints
[13] Un berger creuse la terre
[12] un élément de la vie de Saint Vincent
[10] [11] translation des reliques des autres martyrs de la Puisaye vers l'abbatiale de Coucy
[9] des anges portent l'âme de Vincent
[7] [8] Vincent est torturé
[6] le corps de Vincent jeté dans la mer
[5] Vincent est éviscéré
[4] Dacien demande que l'on torture Vincent
[3] Vincent dort en prison dans un cercle de lumière
[2] Vincent apparaît devant l'empereur Dacian
[1] Vincent en prison visité par un ange
[16] On recueille l'huile miraculeuse qui s'écoule du tombeau de la sainte
[15] des anges se penchent sur son sarcophage
[14] sécollation de sainte Catherine
[13] Sainte Catherine conduite au martyre
[12] l'impératrice est achèvée à coups de lance
[11] deux bourreaux lui tenaillent les seins
[10] Arrestation de l'impératrice
[9] l'impératrice intercède en sa faveur
[8] Catherine subit le supplice de la roue
[7] Flagellation de Sainte Catherine
[6] Comparution de Catherine devant Maxence
[5] Catherine visitée par le Christ et les anges
[4] Sainte Catherine jetée en prison sur l'ordre de Maxence
[3] devant les yeux d'autres philosphes
[2] exécution des philosophes convertis
[1] Maxence sur le trône