L'église prend la forme d’un cube de 18 mètres de côté, entouré d’une résille métallique. Ce cube est lui-même supporté par 12 colonnes en surplomb du jardin public Alleray-Procession. Les murs du baptistère portent les noms des 12 tribus d'Israël tandis que les colonnes portent les noms des 12 Apôtres manifestant ainsi la continuité entre la foi d'Israël et la foi chrétienne.

L’entrée naturelle dans l'église s'effectue par le baptistère au rez-de-chaussée du bâtiment. Vaste pièce blanche au centre de laquelle se trouve le baptistère octogonal en marbre blanc au-dessus duquel quatre dalles de verre permettent de voir l’église au-dessus En 2012, l'église a reçu le label "Patrimoine du XXe siècle" qui manifeste les œuvres architecturales dignes d'intérêt construites au XXe siècle. Le projet fut confié à Architecture-Studio dont d’autres réalisations sont connues : l’Institut du Monde Arabe à Paris, le Palais de Justice à Caen, ou encore le Parlement Européen à Strasbourg. La forme du bâtiment s’est imposée très logiquement compte tenu des contraintes de l’urbanisme qui obligèrent à envisager une construction à très faible emprise au sol : la forme d’un cube qui, décollé du sol, reposerait structurellement sur douze piliers.