La communauté des habitants de La Ferté-Bernard entreprend de construire l'église Notre-Dame-des-Marais dans la seconde moitié du 15e siècle. La construction est commencée par la nef, le transept et les deux premières travées du chœur côté nord.
Dans le cadre de la réalisation de nouveaux travaux sur l'église, des terrains sont achetés pour permettre d'allonger la nef et permettre de donner au vaisseau central sa longueur actuelle vers l'est. Le chœur est entrepris après la nef. Une "piscine" près de l'autel de la Passion porte les armes de Louis XII montrant que le collatéral nord est terminé sous son règne.
Dans le déambulatoire trois chapelles sont construites. Ces chapelles ont été entreprises par Jérôme Gouin, puis par Jean Texier (respectivement décédés en 1526 et avant 1531). Elles ont été consacrées en 1529.
Mathurin Delaborde, qui est aussi le maître maçon de la ville de Chartres et le gendre de Jean de Beauce, est chargé depuis 1535 des travaux de l'église. Les voûtes des chapelles pentagonales sud et nord portent les dates de 1543 et 1544. On constate une profusion de clés pendantes dans la chapelle du chevet.
Entre 1539 et 1541, l'architecte réalisa les fenêtres du collatéral sud du chœur. Les balustrades des chapelles pentagonales sont consacrées à l'hymne "Regina Coeli", et celle du chœur à l'"Ave regina coelorum".
C'est probablement Mathurin Delaborde, l'architecte, qui avait décidé de porter les voûtes du chœur à 25 m. Cela conduit à avoir le comble du toit à presque la même hauteur que le sommet de la tour. Il choisit d'éclairer le chœur par des fenêtres hautes de 7 m. Sous celles-ci se trouve le triforium dont des cartouches donnent la date de 1549.
Les voûtes du collatéral sud sont fermées en 1577, et celles du haut chœur sont fermées en 1596. On a alors inscrit au-dessus de l'arc triomphal "Ceste œuvre su desus a esté faitte et conduitte par troys frères, Robert, Gabriel et Hiérosme les Vietz, maistres masons 1596". Une des voûtes est aussi signée "Jehan Viet maso(n)".
Les guerres de religion n'ont pas eu de conséquence fâcheuse sur l'édifice malgré le siège de 1590.
Plus tard au siècle suivant, une chapelle a été ajoutée en 1623. Par la suite, La petite flèche de la tour, détruite en 1740, a été rétablie par l'architecte diocésain Denis Darcy en 1880. La restauration de l'église a été terminée en 1890.
L'église Notre-Dame des marais possède un exceptionnel corpus de vitraux : 35 verrières des 15e, 16e et 19e siècles.
La chronologie des vitraux suit celle de la construction de l'église. La nef et le collatéral nord, commencés au cours du dernier tiers du 15e siècle, abritent des vitraux de la fin du siècle. Le plus ancien vitrail est conservé à son emplacement d'origine et est connu sous le nom de vitre de Saint Georges (baie 26). Les chapelles du déambulatoire, terminées en 1529 et le collatéral sud du chœur ont reçu des vitraux entre 1533 et 1540 : les vies de St Julien et de Saint Nicolas (baie 12), les litanies de la Vierge (baie 4), le repos de Jésus à Béthanie (baie 5), la vie de Saint Jean-Baptiste (baie 6), l'incédulité de Saint Thomas (baie 8), le portement de croix (baie 14), le baiser de Judas (baie 18).
Le troisième ensemble de verrières se situe aux environs de 1600, dans les fenêtres hautes du chœur. Saint Geroges terrassant le dragon (baie 101), la résurrection (baie 102), la pentecôte (baie 103), l'ascension (baie 104), Vierge à l'enfant et Job insulté par ses proches (baie 105), Jésus au jardin des oliviers (baie 107). Au centre de cet ensemble, le vitrail de la crucifixion (baie 100), donné par François de Lorraine, duc de Guises et seigneur de La Ferté Bernard.
Les 25 vitraux anciens sont l'œuvre de verriers dont les noms sont en partie connus : Robert Courtois, Jean Courtois et François Delalande.
Le repas de Jésus à Béthanie (baie 5) réalisée en 1534 par Jean Courtois
Dieu entouré des symboles des évangélistes ; séraphins en rouge et bleu
Le repas de Jésus à Béthanie (Marie-Madeleine essuie les pieds du Christ)
de bas en haut et de gauche à droite
[13] Écu amorié de la corporation des tisserands ; Anges musiciens
[12] Jésus devant Caïphe
[11] un évêque abat un arbre sacré
[10] Ecce homo
[9] la visitation
[8] Saint Gilles
[7] les noces de Cana
[6] la Vierge tissant au temple
[5] Saint André
[4] la présentation de Jésus au temple
[3] Donateurs présentés par saint Jérôme
[2] ange
[1] donateurs présentés par un moine
de bas en haut et de gauche à droite
[10] Quatre anges adorant le Sacré-Coeur ; anges portant les instruments de la Passion
[7] [8] [9] le sacré cœur
[6] l'église N.D. du marais de la Ferté Bernard
[5] le pape
[4] la basilique Saint Pierre de Rome
[3] 16 juin 1872 consécration du diocèse du Mans au sacré-cœur
[2] donateur
[1] 8 juin 1872 consécration du diocèse du Mans au sacré-cœur
de bas en haut et de gauche à droite
la vie de Saint Nicolas
[12] les trois enfants au saloir
[11] Nicolas fait décharger des bateaux de blé pour conjurer la famine
[10] Élection de Nicolas comme évêque de Myre
[9] Nicolas fait l'aumone
[8] Nicolas à l'école
[7] Nicolas apparait à un homme et à une femme
la vie de Saint Julien
[6] Julien exorcise un possédé
[5] Julien guérit un aveugle
[4] Julien ressucite un mort
[3] Saint Julien prêche
[2] Un repas avec Thuribe et Pavace
[1] Le pape Clément envoie Julien et ses compagnons évangéliser dans le Maine