L'église est reconstruite à la fin du 12e siècle après la destruction de la ville, en 1168, par Henri II Plantagenêt.
Seul le chœur laisse apparaître des vestiges de cet édifice. Le voûtement du faux transept et l'agrandissement du chœur sont effectués au siècle suivant.
Le connétable Olivier de Clisson et sa seconde épouse Marguerite de Rohan font transformer l'absidiole sud en oratoire et chapelle privée à la fin du 14e siècle. La nef et le bas-côté sud sont construits entre 1461 et 1470 par Jean II de Rohan, alors que le bas-côté nord est achevé en 1491, époque à laquelle une tour carrée est érigée au centre du bas-côté nord.
En avril 1891, le pape Léon XIII lui octroie le titre de basilique mineure.
À partir de 1855 jusqu'à 1900, d'importants travaux sont entrepris. La chapelle nord est aménagée. La chapelle sud, dédiée à sainte Marguerite, est transformée en 1890 par l'architecte blésois A. Lafargue.
Le connétable de France, Olivier de Clisson (†1407) repose au côté de sa seconde épouse Marguerite de Rohan (†1406).
Olivier de Clisson meurt le 23 avril 1407 à Josselin. Très attaché à sa « chapelle », il voulut y être enterré avec sa seconde épouse, Marguerite de Rohan. Cette église lui doit les débuts d’une restauration qu’achèveront ses successeurs pendant tout le 15e siècle.
Atelier d'A. Meuret et J. Lemoine, Nantes, 1875. :
Plusieurs évêques se tiennent sur le devant de l'estrade avec Derrière eux les notables. Les bannières sont celles de l'Église, du roi et de la nation. Devant l'estrade, des paysans, un genou à terre, s'inclinent devant la procession de Sainte Anne.
Atelier Jacques Gruber, Paris, vers 1931-1933
Le 30 avril 1341, Jean III mourut sans héritiers directs. Son demi-frère, Jean de Montfort marié à Jeanne de Flandre, et sa nièce Jeanne de Penthièvre, épouse du neveu de Philippe VI de France, Charles de Blois, revendiquent chacun pour son compte le trône ducal.
Le parti de Blois est soutenu par la France, les grands seigneurs bretons, le haut-clergé, le pays Gallo et les principales villes du Trégor. Le parti de Montfort est soutenu par l’Angleterre, la petite noblesse, les recteurs et leurs paroissiens du pays bretonnant.
En 1351, le combat des Trente, au chêne de Mi-Voie entre Josselin et Ploërmel, opposa trente chevaliers bretons qui l'emportèrent sous le commandement de Jean Beaumanoir, à trente combattants anglais, allemands et quatre bretons.
Au cours du 19e siècle de nombreuses femmes du Morbihan furent en proie à un mal étrange qui les poussait à aboyer comme des chiens. Pour les délivrer de ce maléfice, le jour de la Pentecôte, elles étaient amenées de gré ou de force devant la Vierge de Josselin et elles en repartaient libérées. Ces femmes, qui se débattaient, mordaient, frappaient, griffaient et hurlaient, étaient appelées Les Aboyeuses de Josselin et de partout des curieux venaient assister au spectacle de leur délivrance.
Le 25 mai 1728, les deux fillettes et un autre enfant, qui n’étaient plus capables de marcher et qui aboyaient comme des chiens, furent amenés à l’église de Josselin et après avoir bu à la fontaine miraculeuse près de la basilique » le mal extraordinaire et inconnu » qui les tourmentait disparu aussi inexplicablement qu’il était venu.
Atelier du Carmel du Mans, Ferdinand Hucher. 1893
[A] Baptême du Christ
[1] Thècle écoute la prédication de Saint Paul
[2] Thècle est accusée par sa mère
[3] Thècle est livrée aux lions
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