La troisième verrière du 16e siècle a comme sujet le Martyre de sainte Barbe, et la présente alors qu'elle est conduite devant Dioclétien et martyrisée par deux bourreaux (volet de gauche). Son propre père s'apprête à la frapper, et des ouvriers préparent un édifice pour l'emmurer (volet de droite).

Sur cette verrière du 16e siècle consacrée à la légende de saint Fiacre, on peut le voir :
à l'école, le jour de son mariage, embrassant un lépreux, s'embarquant sur un navire et arrivant à Meaux,
Saint Fiacre est reçu par saint Faron, et bêchant la terre devant son ermitage. Il est à souligner que quatre panneaux ne sont plus ceux d'origine. Tous portent des vers expliquant les scènes figurées.

la cinquième verrière du 16e siècle est celle de la chapelle du milieu. Au tympan, on peut voir un médaillon représentant Suzanne prenant un bain et Suzanne épiée par les vieillards.
Dans la partie centrale de la verrière, la scène de gache représente les vieillards accusant Suzanne, et celle de droite la condamnation de Suzanne par les vieillards.

[1] Nativité de Marie.
[2] Présentation de Marie au temple.
[3] Mariage de Marie et de Joseph.
[4] Annonciation.
[5] Visitation.
[6] Adoration des bergers.
[7] Présentation de Jésus au temple.
[8] Fuite en Egypte.
[9] Educcation de Jésus.
[10] Jésus devant les docteurs.
[11] Mort de Joseph.
[12] Noces de Cana.
[13] Jésus apparait à Marie.
[14] Jésus apparait aux apôtres.
[15] Pentecôte.
[16] Dormition de la Vierge.
[17] Couronnement de la Vierge.

Le 28 août 1638, la population est déjà bien décimée, et en ultime recours, les échevins restés en ville appellent par le son des cloches les habitants à l’hôtel de ville. En compagnie du grand-archidiacre du Vexin français François d’Aguillanguy, le petit cortège se rend ensuite vers le porche de l’église Notre-Dame, et se jette à genoux devant la statue de la Sainte-Vierge pour prononcer un vœu dont le long texte a été consigné pour la postérité.

Sur la verrière, une foule importante sort de la cathédrale Saint-Maclou et se dirige vers l'église Notre-Dame, située un peu en contrebas dans la ville. On compte 145 personnages ecclésiastiques : les prêtres des églises de Pontoise, les moines et moniales des monastères (abbaye de Saint-Martin, couvent des Cordeliers), ainsi que les représentants des confréries (orfèvres, bouchers, boulangers, musiciens, jardiniers, etc.) et le peuple de Pontoise qui s'est joint à la procession. Tous s'en vont implorer la Vierge Miraculeuse et prier au milieu des malades et des mourants. Le vitrail extrêmement coloré et vivant est composé avec l'œil du maître verrier Edouard-Amédée Didron en 1887.

En 1244, Louis IX se trouve à l'abbaye de Maubuisson, malade. Il promet de partir en croisade s'il guérit. On trouve autour de lui l'évêque de Paris (qui lui donne la croix d'Outre-Mer), sa mère Blanche de Castille, son épouse Marguerite de Provence, sœur Guillemette, la première abbesse de l'abbaye, et des religieuses de Notre-Dame-la-Royale de Maubuisson.
Au second plan du vitrail, on remarquera les murs de Pontoise et de Saint-Maclou.