L'église primitive mentionnée dans un acte de 982 n’était vraisemblablement qu’une modeste chapelle. Reconstruite au 13e siècle, l’édifice actuel en a conservé quelques vestiges, notamment la base du clocher.
C’est sous le règne de François Ier -le baptême des cloches date de 1534 — que le monument fut élevé. Les premiers travaux de restauration furent menés en 1751 et 1752, l’ancien portail couvert abattu, la façade entièrement refaite.
Le roi Louis XV ayant financièrement contribué aux travaux, on lui rendit hommage en gravant les armes royales sur la façade. Elles sont détruites à la Révolution. Puis sous le Second Empire, une réfection générale intervient après que la foudre eut dévasté le clocher et une partie de la nef.
Enfin, en 1979, l’intérieur de l’église a été entièrement ravalé. L’église Saint-Germain est inscrite à l’inventaire supplémentaire des monuments historiques par arrêté du 27 décembre 1926.
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Amâtre, évêque d'Auxerre, réprimande les troupes barbares.
Au fond, l'arbre aux branches auquel Germain suspendait, pour qu'on les admirât, les têtes des bêtes fauves tuées par lui à la chasse
Saint Germain, évêque d'Auxerre
Amâtre, alors évêque d'Auxerre, a la révélation que Germain sera son successeur. À l'approche de sa mort, en 418, Amâtre désigne Germain comme son successeur. Elu au siège épiscopal, il entre en religion. Son épouse, elle, se fait nonne, mais n'en continue pas moins à l'assister et à le soutenir dans ses œuvres.
Saint Germain et Sainte Geneviève
Dans sa lutte contre le pélagianisme, Germain fait deux voyages en Bretagne, en 430 et 448.
C'est lors de son premier voyage, accompagné par saint Loup, évêque de Troyes, qu'il rencontre une petite fille âgée de dix ans, qu'il consacre à Dieu et qui deviendra Sainte Geneviève.
Dix-sept années plus tard, il revoit Geneviève à Lutèce, lors de son second voyage en Angleterre.Comme Germain, elle choisit l’Église et l’empire. Ce calcul politique la conduisit à soutenir les Francs païens, à favoriser leur expansion, et à les inciter à se convertir au catholicisme.
Saint Germain apaise la tempête
En 430, Germain d'Auxerre est envoyé en Bretagne (l'actuelle Grande Bretagne) par le pape Célestin 1er, afin de lutter contre le pélagisme, doctrine condamnée par le Saint Siège et le concile de Carthage en 418.
En compagnie de l'évêque Loup de Troyes, ils embarquent malgré l'effroyable tempête qui souffle sur la Manche. Germain invoque alors la Vierge pour apaiser la tempête.
la mort de Saint Germain
Après sa mort à Ravenne, le corps de Saint Germain est rapporté à Auxerre selon ses dernières volontés. Cinq jeunes filles sont choisies pour accompagner sa dépouille.