Des recherches archéologiques ont révélé qu'à lemplacement de l'église actuelle se trouvait une nécropole gallo-romaine et mérovingienne : près de 600 tombes y ont été découvertes.

L'église Saint Pierre est située au centre de la ville de Bondy, sur la voie gallo-romaine qui part du Nord de Paris et traverse la forêt de Bondy, appelée plus tard « route de Lorraine ». En 496, Clovis, le roi des Francs, se convertit au christianisme à la suite d’un vœu fait au cours de la bataille de Tolbiac au Dieu de sa femme, Clothilde qui était chrétienne. Il va alors décider avec ses successeurs de construire des églises sur tout son territoire qui s’étend alors des Pays-Bas aux Pyrénées en passant par l’Allemagne de l’Ouest et la Bourgogne. Le village de Bondy, proche de Paris, va bénéficier de la construction d’un lieu de culte chrétien. Au moins cinq églises vont se succéder dans le village. Léédifice actuel est donc le fruit de nombreuses reconstructions. Après au moins un bâtiment initial, elle semble rebâtie au 14e ou 15e siècle, puis à nouveau en 1750-1752.