Selon la tradition, l'église de Nemours a été fondée pour recevoir une relique de Saint Jean Baptiste. Au retour de la 2e croisade, vers 1145, Gautier de Nemours, chambellan du roi de France Louis VII le jeune, accueille sur ses terres des religieux de l'ordre de Saint Augustin venant de Sébastre (Samarie) en Palestine et porteurs de cette vénérable relique. Ils font construire une église, à partir de 1170, au nord de leur monastère.
La partie la plus ancienne pourrait être le clocher-porche. Les archivoltes du porche semblent encore romanes mais le clocher a probablement été agrandi et surélevé aux 13e et 14e siècles. L'église a probablement souffert, comme la ville elle-même, des évènements de la guerre de Cent Ans. Au début du 16ème siècle elle devait être très délabrée lorsqu'il a été décidé de la reconstruire.
Entre 1510 et 1550, le chevet, le choeur, les chapelles et l'amorce du transept sont construits. A la porte de l'actuelle sacristie un bénitier porte la date gravée de 1547. Les travaux sont arrêtés pendant la seconde moitié du 16ème siècle, probablement à cause des guerres de religion et par manque d'argent. La consécration de l'église a lieu le dimanche 8 octobre 1595. La nef et les bas-côtés ont dû être commencés avec des piliers et des colonnes torsadées. A partir de 1631, les travaux destinés à achever l'église entre le chevet et le clocher-porche vont reprendre. On profite alors de la présence du chantier royal proche de Nemours ; Gobert, architecte du roi à Fontainebleau, établit des plans: fenêtres hautes dans la nef et charpente en bois, à l'imitation des voûtes en pierre. Elles sont exécutées par le maître-charpentier Claude Gautrot demeurant à Nemours. Les travaux sont achevés vers 1650.
Le maître-verrier Jean Chastelain apparaît la première fois dans les chantiers royaux de la chapelle de Fontainebleau et à Villers-Cotterêts en 1527.
Il réalise des vitraux pour l’Église Saint-Germain-l'Auxerrois et l'église Saint-Étienne-du-Mont à Paris, ainsi que de nombreux autres vitraux dont La Sagesse de Salomon de l’église Saint-Gervais-Saint-Protais toujours à Paris. Aujourd’hui on peut voir également plusieurs de ses vitraux au musée national de la Renaissance. Il faut souligner que ses modèles ou cartons ont été repris à plusieurs reprises.
Il reçoit commande en 1528 pour des travaux au château de Chantilly par la famille de Montmorency.
Une trentaine d'œuvres lui ont été attribuées dont deux verières de l'église saint Jean-Baptiste de Nemours :
- vitrail du Baptême du Christ, vers 1530-1535
- vitrail de l'Offrande des reliques de saint Jean-Baptiste dont la partie basse a été refaite en 1860.
Les mystères joyeux correspondent la naissance et à l’enfance de Jésus.
- 1er mystère : l’annonciation.
- 2nd mystère : la visitation.
- 3ème mystère : la nativité.
- 4ème mystère : la présentation de Jésus au temple.
- 5ème mystère : Jésus devant les docteurs.
Les mystères douloureux correspondent à la passion du Christ.
- 1er mystère : l’agonie du Christ au jardin des Oliviers.
- 2nd mystère : la flagellation de Jésus.
- 3ème mystère : le couronnement d’épines.
- 4ème mystère : le portement de la croix.
- 5ème mystère : la crucifixion.
Les mystères glorieux évoquent la résurrection du Christ.
- 1er mystère : la résurrection de Jésus.
- 2nd mystère : l’Ascension.
- 3ème mystère : la Pentecôte.
- 4ème mystère : l’Assomption.
- 5ème mystère : le couronnement de Marie.
