Un ensemble exceptionnel de 54 stalles, sculptées dans le chêne par le menuisier parisien Richard Falaise, dont 26 stalles basses et 28 stalles hautes, exécutées en 1522, font l'objet d'une mesure de classement en 1902. Les miséricordes présentent un cycle intéressant, tiré de l'Ancien Testament, qui narre l'histoire de Job. La figuration de proverbes et de jeux de mots, de scènes de la vie quotidienne, témoignent de la hardiesse de l'artiste qui frise parfois la trivialité.
Leur style est encore empreint des caractères de l’art du Moyen-Âge, mais déjà on sent l’influence de l’art de la Renaissance italienne.

Cet arbre de Jessé a été réalisé autour de 1500-1525. Il représente symboliquement la généalogie du Christ descendant de David, fils de Jessé, annoncé par Isaïe : "un rameau sortira de la boucje de Jessé" (Is 11,1). C'est Marie portant Jésus qui est au sommet de l'arbre.
La partie basse du vitrail a été détruite. Dans la partie haute, on y voit David avec sa harpe, rappelant que traditionnellement on lui attribue les psaumes. Les rois sont représentés comme successeurs de David.

Ce vitrail donne à voir l’instant où le Christ est transpercé d’une lance afin de vérifier qu’il est bien mort (les évangiles disent qu'il jaillit de l’eau et du sang de son côté.
On aperçoit le chanoine donateur du vitrail, Marie, Saint Jean et les saintes femmes, les deux larrons suspendus à leur croix et sur la droite les soldats et les membres du sanhédrin.
La tunique du Christ étant sans couture, cela en faisait un vêtement précieux. Il fut convenu de ne pas la partager mais de la jouer aux dés. En bas à droite, deux soldats en viennent aux mains ou plutôt aux couteaux, ce qui n’est pas dans le texte de l’évangile.

Il y a comme souvent, au pied de la croix, un crâne. C’est le crâne d’Adam représenté là pour rappeler aux croyants que le Christ a planté sa croix, nouvel Arbre de Vie, dans la mort d’Adam pour qu’Adam revive. Il faut remarquer que l’évangile lui-même appelle le lieu de la crucifixion "Golgotha" et précise que cela veut dire “le lieu du crâne”, certaines traditions juives faisant de cet endroit le lieu même de la tombe d’Adam.

Sainte Catherine serait née en 290 dans une famille noble d’Alexandrie. Très instruite et sage, elle tient tête aux intellectuels convoqués par l’empereur romain Maximin pour contredire ses arguments en faveur de la Foi chrétienne. L’empereur est séduit par son intelligence et sa beauté et lui propose une place importante dan son palais.
Comme elle refuse, il la fait supplicier et jeter en prison. Comme elle persiste dans son refus, il décide de la faire mettre à mort par le supplice de la roue. Celle-ci se brise miraculeusement. Il lui propose alors de devenir son épouse. Comme elle refuse, il la fait décapiter en l’an 305.
Elle est représentée avec les instruments de son martyre : la roue cassée du premier supplice, le glaive de sa décapitation, un livre, symbole de son érudition et sur sa tête, une couronne symbole de ses origines.

Saint Denis est le premier évêque de Paris, capitale de la France. Il serait mort en martyr entre 250 et 272.
D'après les Vies de saint Denis, écrites à l'époque carolingienne, Denis décapité aurait marché vers le nord pendant six kilomètres, sa tête sous le bras, traversant Montmartre. À la fin de son trajet, il donna sa tête à une femme pieuse originaire de la noblesse romaine, puis s'écroula. On l'ensevelit à cet endroit précis et on y édifia une basilique en son honneur. La ville s'appelle aujourd'hui Saint-Denis.

Martin, catéchumène et centurion romain, croise à la porte d’Amiens, en plein hiver, un mendiant fort mal vêtu. Aussitôt, de son épée, il coupe sa cape en deux pour la partager avec le pauvre.
La nuit venue, le Christ lui apparut en songe vêtu de sa cape et lui dit : “C’est moi que tu as vêtu aujourd’hui”. Cela reste un des gestes les plus populaires de l’histoire chrétienne en France. Nul doute que sa “Charité” fut pour beaucoup pour sa popularité.

Sainte Geneviève est représentée debout tenant un grand cierge dans sa main gauche. Un petit démon est en train d’éteindre sa bougie à l’aide d’un soufflet.
Sainte Geneviève se rendait le soir sur le chantier de la construction de la première basilique consacrée à Saint-Denis, actuellement dans la ville de Saint-Denis. Pour s’éclairer en chemin, elle emportait une torche enflammée, représentée souvent comme un grand cierge, et celle-ci s’éteignait sans cesse parce que, croyait-on, un démon soufflait dessus. Mais à chaque fois que le cierge s’éteignait, il se rallumait comme par miracle.