De nombreuses chapelles se sont succédées à partir de 1894 sur un terrain, appartenant aux Jésuites, commémorant la mémoire des 52 otages exécutés le 26 mai 1871 à cet endroit pendant la Semaine sanglante lors de la Commune de Paris.
En 1932, le père jésuite Henri Diffiné propose d'édifier une église, qui est rapidement bâtie en 1938 dans le style Art déco sur les plans de l'architecte Julien Barbier. Elle est inaugurée la même année par le cardinal Verdier.

Le massacre de la rue Haxo est la fusillade de cinquante otages le 26 mai 1871, rue Haxo, pendant la Semaine sanglante, par la Commune de Paris. Les exécutions de la rue Haxo font 50 morts, dont 36 gardes ou gendarmes, 10 prêtres et religieux, dont des jésuites, et quatre militants blanquistes identifiés comme informateurs de la police.

Le chemin de croix de l'église est réalisé en mosaïques par Félix Gaudin sur des dessins de Louis Mazetier, ce dernier ayant également réalisé les sculptures de l'église. Les vitraux sont réalisés par le verrier Louis Barillet avec le concours de Jacques Le Chevallier et Théo Hanssen