La construction de la collégiale Saint-Hippolyte a commencé en 1415. A la même époque Sainte Colette de Corbie fonde le couvent des "pauvres Clarisses" a proximité de la collégiale. La première dédicace de l'église a été célébrée moins de vingt ans plus tard, en 1431. Cette même année le Pape Eugène IV l'érigeait en Collégiale.
La rapidité de sa construction, en moins d’un demi-siècle, lui confère une unité architecturale exceptionnelle.
De généreux mécènes ont accompagné le projet : l'un d'eux, Jean Chousat, entré au service du duc de Bourgogne et qui finira Gouverneur général, consacra ses biens à l'édification de la collégiale. À la mort de Jean Chousat, le clocher est à peine commencé. La générosité de l'évêque de Tournay, Jean Chevrot, permit d'en achever la construction. Il dota la collégiale d'une chapelle dédiée à la Vierge et à saint Antoine. C'est probablement sur ses deniers qu'on été payés les artistes bourguignons qui réalisèrent l'étonnante collection de statues que l'on peut encore admirer.
Au 17e siècle, les troupes de Louis XIII prennent la ville et la livrent aux flammes. La flèche du clocher s'effondre. Les polinois se remettent au travail : un dôme remplace alors la flèche effondrée et un porche de style classique prend place devant la façade.
Retable de la Passion en bois sculpté polychrome, 15e siècle (Chapelle nord près de l'entrée de l'église).
Sainte Colette et Jean Courault : Il y avait à Poligny un bourgeois nommé Jean ourault qui avait une grande confiance en Ste Colette. Un jour, en voyage, un accident failli lui oter la vie. Il se harsarda à traverser une rivière très profonde sur son cheval. Le cheval s'abattit au milieu des eaux et bientôt le cheval et le cavalier disparurent. Dans cette extrémité, Jean Courault se souvint de Ste Colette et la supplia de venir à son secours. A peine eut il fait son invocation que le cheval se releva et s'élança avec son cavalier sur la rive opposée.
Le puits de Sainte Colette : au couvent de Poligny, on était fort gêné du manque d'eau. Les hommesde l'art avaient fait diverses fouilles sans aucun résultat, et sans espoir de réussir. Bien plus, ils avaient renoncé à faire d'autres expériences. Sainte Colette,sachant que Dieu ne refuse rien à la prière et se rappelant qu'autrefois il avait fait jaillir l'eau d'un rocher dans le désert en faveur des Israélites, n'hésita point à demander à Dieu le même prodige en faveur des religieuses du couvent. Après elle indiqua trois endroits. Elle fit sur chacun d'eux le signe de croix et commanda aux aouvriers de creuses. Trois sources abondantes jaillirent et fournissent encore aujourd'hui les besoins de la communauté.
Le charriot de Sainte Colette :
Entrevue avec St Vincent-Ferrier : Saint Vincent Ferrier venait de prêcher à Besançon. Au moment de quitter la ville, il annonça à Colette que son dessein était de se rendre en Espagne. Elle lui déclara que ce n'était pas là que Dieu l'attendait : "C'est en France que vous trouverez la fin de travaux et que vous recevrez la récompense qui vous est préparée, et cela avant que deux ans soient révolus".
[1] mariage de Marie et de Joseph
[2] le songe de Joseph. Un ange le prévient de fuir en Egypte avec Marie et l'enfant Jésus.
[3] repos durant la fuite en Egypte
[4] la sainte famille
[5] la mort de Joseph
Cette Vierge à l'enfant a été offerte en 1415 par Jean Sans Peur à Sainte Colette, fondatrice du couvent des Clarisses. Elle y réside jusqu'en 1920, date à laquelle elle fut vendue à un antiquaire parisien par l'Évêché pour financer la construction d'une chapelle.
Le Metropolitan Museum of Art (MET) de New-York en fait l'acquisition quelques années plus tard et en fait surtout la pièce maîtresse du département de sculpture médiévale du musée. Elle est considérée comme le chef d'oeuvre de Claus de Werve.
C’est lors du passage au MET en 2010 d’un polinois, Michel Vieille, que l’idée de faire réaliser une copie a été envisagée. C'est en juillet 2016 que la statue est installée à Poligny.