La fondation de la chapelle remonterait au VIe siècle, à l'époque de la mission de Paul Aurélien. Son clocher de granit haut de soixante-dix-huit mètres, le plus haut monument gothique de Bretagne, est le prototype de nombreux clochers-à-jour bretons. Collégiale dédiée au culte marial, le Kreisker accueillait les pèlerins du Tro Breiz

Le transept, l'élévation nord du chœur ainsi que le chevet datent de la seconde moitié du XIVe siècle. Les travaux commencent en 13451, aux lendemains de la consécration de la cathédrale du Léon, que Mgr Pierre Benoît a prononcée en 1344. La façade occidentale date de la fin du XVe siècle. Les travaux s'achèvent en 1399.

En l’absence d’une maison commune, les délibérations du corps des bourgeois, qui en ont l'administration, se tiennent au Kreisker tout au long du Bas Moyen Âge, jusqu'à ce que le commerce international avec la Hanse puis la Bretagne tout entière ne soient ruinés, sous le règne de Louis XIV. Jusqu'à la fin des années 1630, le Kreisker reste église municipale, sans service paroissial. Hôtel de ville, il abrite sous la présidence du sénéchal, voire de l'évêque sinon de son premier archidiacre, les assemblées des trois ordres, le clergé dans la sacristie, la noblesse dans le chœur, le Tiers dans la nef. Y siègent les corporations d'armateurs, de marchands, d'artisans, de sculpteurs, d'orfèvres, des tailleurs, qui y ont chacune leur autel. La nef a dû servir aussi de bourse de commerce.
Dépouillé de ses cloches à la Révolution, le clocher du Kreisker reste un « grand muet »