Bernard est né en 1090 ou 1091 au château de Fontaine-lès-Dijon près de Dijon, dans une famille noble de Bourgogne. Il est le troisième de sept enfants.

À l'âge de neuf ans, il est envoyé à l'école canoniale de Châtillon-sur-Seine. Il suit premier le cycle d'enseignement consacré aux lettres (grammaire, rhétorique et dialectique). Il acquiert une bonne connaissance de la Bible, des Pères de l'Église et de divers auteurs latins, ce qui fait de lui un parfait représentant des lettrés de son temps. En revanche, il ne suivra pas le second cycle, portant sur l'arithmétique, la géométrie, la cosmologie et la musique.

À l'âge de seize ou dix-sept ans, il perd sa mère et en est très vivement affecté. Il mène ensuite l'existence mondaine des jeunes nobles de son âge mais semble très vite vouloir entrer dans les ordres
En 1112, il entre à l'abbaye de Cîteaux avec trente membres de sa famille ou proches. L'abbaye de Cîteaux a été fondée en 1098 par Robert de Molesme et respecte intégralement la règle de saint Benoît : retour à la simplicité dans la vie quotidienne, dans le culte et dans l'art ; rupture avec le monde, pauvreté, silence, travail manuel

En 1115, Étienne Harding envoie Bernard à la tête d'un groupe de moines pour fonder une nouvelle maison cistercienne appelée « claire vallée » (clara vallis), qui devient ensuite « Clairvaux ». Bernard est élu abbé de cette nouvelle abbaye. Il demeure abbé de Clairvaux jusqu'à sa mort en 1153.
À l'austérité cistercienne, élaborée à partir de la fuite du monde, de la pauvreté et du travail manuel, Bernard ajoute la mise en valeur de la pureté et le mépris de la culture et de tout ce qui peut sembler un divertissement pour l'esprit.

Bernard fonde jusqu'à soixante douze monastères, répandus dans toutes les parties de l'Europe : 35 en France, 14 en Espagne, 10 en Angleterre et en Irlande, 6 en Flandre, 4 en Italie, 4 au Danemark, 2 en Suède et 1 en Hongrie. En 1151, deux ans avant sa mort, il y a 500 abbayes cisterciennes

Lorsque le royaume de Jérusalem se trouve menacé après la chute du comté d'Édesse, le pape Eugène III demande à Bernard de prêcher la deuxième croisade, laquelle sera entreprise en grande partie à l'initiative du roi de France, Louis VII. Il prend la parole le 31 mars 1146, le jour de Pâques, au milieu d'une foule de seigneurs et chevaliers au pied du versant nord de la colline de Vézelay. L'échec de la deuxième croisade lui sera ensuite reproché de partout.

Bernard de Clairvaux fut à l'origine de la croisade des Albigeois. L'hérésie cathare faisait alors de grand progrès dans le midi de la France. Bernard intervient pour réfuter les doctrines cathares. En 1145, il accompagne en Languedoc Albéric d'Ostie, légat du pape Eugène III, et Geoffroy de Lèves, évêque de Chartres afin de prêcher contre l'hérésie dans cette région.

Les chefs de St Bernard et de St Malachie furent sauvés en 1790 par le dernier abbé de Clairvaux, Dom Rocourt, qui les remit en 1813 au préfet de l'Aube. Celui-ci les restitua à la fabrique de la cathédrale qui se porta acquéreur en 1857, avec l'état, de la châsse de St Alban provenant de l'abbaye de Nesle-a-Reposte (Marne) afin de pouvoir présenter les précieuses reliques des deux saints. Cette châsse fut recomposée en 1860 par l'orfèvre Louis Bachelet avec le concours de Viollet-le-Duc.