Jean-Gabriel Perboyre est né le 6 janvier 1802 au hameau du Puech, dans le village de Montgesty près de Cahors. Il est l'aîné de huit enfants (dont six entreront en religion) de Pierre Perboyre et Marie Rigal, agriculteurs.

En 1817 son jeune frère Louis rejoint Montauban afin de poursuivre ses études au collège dirigé par leur oncle Jacques, prêtre lazariste. Jean-Gabriel en profite pour parfaire ses études, et donne déjà des signes de vocation religieuse. Son oncle tente alors de persuader ses parents de lui permettre de poursuivre sa formation théologique plutôt que de reprendre l'exploitation familiale.

En 1826 il est ordonné prêtre. Il est alors envoyé à Saint-Flour en tant que professeur de théologie et l'évêque le réclame comme directeur du séminaire. Il est d'abord nommé professeur au grand séminaire, puis en 1831 directeur du petit séminaire, le noviciat des lazaristes à Paris.

Il embarque au Havre le 24 mars 1835 et arrive cinq mois plus tard à Macao où Il apprend la langue et les coutumes locales, tout en s'habituant au climat.
Ce n'est qu'après un voyage de huit mois en jonque, à pieds ou à cheval, qu'il parvient sur son lieu de mission à Nanyang dans le Honan, où il se remit à l'étude de la langue. Il trouve là une population misérable, deux mille chrétiens environ vivant dans la plus extrême pauvreté. L'église n'est qu'une masure. Il se consacre alors à son travail apostolique, et malgré son dénuement, il s'efforce de soulager la misère de ses fidèles.

En 1839, l'empereur manchou Quinlong (1736-1795) proscrit la religion chrétienne et les premières persécutions sont engagées. le 15 septembre, un groupe armé se dirige vers la résidence des missionnaires. Le Père Perboyre se réfugie dans la forêt voisine, mais, trahi par un de ses catéchumènes, il est retrouvé et amené devant le mandarin.
Le prisonnier n'avait aucun droit, il n'était pas protégé par la loi, et il était soumis à l'arbitraire de ses gardiens et de ses juges.

Il reste ainsi en captivité pendant presque un an et subit interrogatoires et tortures sans renier sa foi. Il est condamné à mort le 15 juillet 1840 par le tribunal de la province de Hubei. Avec sept bandits, Jean-Gabriel Perboyre fut conduit sur une hauteur appelée la « Montagne Rouge ». Les bandits furent tout d'abord exécutés, alors que Perboyre se recueillait en prière. Quand son tour fut venu, les bourreaux le lièrent à un poteau en forme de croix, lui passèrent la corde au cou et ils l'étranglèrent.
Vingt ans après sa mort, sa dépouille est transférée à Paris, à la maison mère des lazaristes.

Jean-Gabriel Perboyre est représenté lié à la croix en bambous de son supplice sur laquelle il fut étranglé.
Il est fêté le 11 septembre.