Baptisé Giovanni à sa naissance, il prend par la suite le nom de Bonaventure. À l’âge de quatre ans, il fut attaqué d’une maladie si dangereuse, que les médecins désespérèrent de sa vie. Sa mère alla se jeter aux pieds de saint François d’Assise, le conjurant d’intercéder auprès de Dieu pour un enfant qui lui était si cher. François, touché de compassion, se mit en prière, et Jean se trouva parfaitement guéri. Par reconnaissance, il entra dans l’Ordre fondé par saint François.
Bonaventure fut envoyé par son père à l’Université de Paris, où il lia une profonde amitié avec Thomas d'Aquin. Bonaventure reçoit son doctorat en 1257, en même temps que Thomas d'Aquin.
En 1265, Clément IV le nomme archevêque d'York, mais il refuse cette promotion et surtout entend demeurer à Paris, pour la défense des ordres mendiants.

Bonaventure n’avait que trente­ cinq ans quand il fut élu général des Franciscains, et il avait à peu près cinquante­ et­ un ans quand le pape Grégoire X le nomma cardinal­ évêque d’Albano. Les envoyés du Pape le trouvèrent, lui, général de l’Ordre, occupé, avec plusieurs frères, à laver la vaisselle.

L'année suivante, Bonaventure quitte la tête des franciscains.